Μιλώντας στο μεγαλύτερο τζαμί της Ιορδανίας αυτό του al-Hussein ben Talal στο Ομάν, κατά τη διάρκεια της δεύτερης ημέρας της παρουσίας του σε αραβική χώρα, ο Πάπας Βενέδικτος 16ος, κατήγγειλε την «χειραγώγηση της θρησκείας, και της πίστης για πολιτικούς λόγους» χαρακτηρίζοντας αυτή την πράξη τον «δρόμο που οδηγεί στη βία».

Ο Πρίγκιπας Ghazi bin Mohamad, ξάδελφος και σύμβουλος για θρησκευτικές υποθέσεις του Βασιλιά Abdullah II της Ιορδανίας, χαρακτήρισε την επίσκεψη του Πάπα Βενέδικτου ως "χειρονομία καλής θέλησης και μια ένδειξη του αμοιβαίου σεβασμού μεταξύ μουσουλμάνων και χριστιανών" και ως μια πρώτη «συγγνώμη» για τις δηλώσεις του Πάπα το 2006, οι οποίες είχαν προσβάλει τους μουσουλμάνους.

Η ομιλία του Πάπα, δεν έπεισε ωστόσο τους πάντες. Ο Μουφτής Youssef Abou Hussein από την επαρχία του Καράτ στα νότια της χώρας, χαρακτήρισε, λίγο-πολύ, υποκριτική τη στάση του Πάπα και χωρίς ίχνος συγγνώμης ή μεταμέλειας, για τις προσβλητικές του δηλώσεις.

Κατά τη διάρκεια της παραμονής του στην Ιορδανία, ο Πάπας επισκέφτηκε το όρος  Nebo, όπου σύμφωνα με την Παλαιά Διαθήκη ο Θεός έδειξε στον Μωησή τη Γη της Επαγγελίας και στη συνέχεια μετέβη στην πόλη Madaba, όπου ευλόγησε την πρώτη πέτρα, του, υπό κατασκευή, πρώτου Καθολικού Πανεπιστημίου.